Um die Zertifizierung mit der gebotenen Sorgfalt begleiten zu können, wurde im Juli 2006 eine hauptamtliche Geschäftsstelle mit Sitz in Bonn eröffnet. Die Geschäftsstelle bildet die Schnittstelle zwischen den Energieanbietern und den Vereinsgremien, begleitet die regelmäßige Zertifizierung, berät die Energieanbieter in Fragen rund um die Mittelverwendung und übernimmt für den Grüner Strom Label e.V. die Öffentlichkeitsarbeit.